1.舊有管線與設備的「水垢殘留」：

軟水機只能處理新進入家中的水，而過去數十年硬水在管線、熱水器、淋浴設備中累積的水垢，並不會在一夜之間消失。新流經的軟水會慢慢溶解這些舊有的水垢，溶解過程會需要一些時間，這段期間內仍會看到水垢的痕跡。這是一個正常的過渡現象。

2.設備設定或操作不當：

這是一個最常見，但也最容易解決的問題。
再生週期設定不當：如果軟水機的再生頻率設定不足，樹脂的交換能力會提前飽和，導致在再生前流出部分硬水，形成水垢。
旁通閥（Bypass Valve）未完全關閉：如果旁通閥沒有正確關閉，部分硬水會繞過軟水機，直接流入家中供水系統，自然會造成水垢。
鹽量不足或品質不佳：軟水機需要足夠的軟水鹽才能進行再生。鹽量不足或使用了不當的鹽，都會影響再生效果。

3.水垢的「種類」不同：

儘管極為罕見，但少數地區的水源除了鈣、鎂之外，也可能含有其他不易被軟水機樹脂去除的礦物質（例如矽）。這些礦物質也有可能在加熱後形成類似水垢的沉積物。